L’artillerie d’Afrique avait été constituée avec des batteries détachées de divers régiments d’artillerie.
En 1875, ces batteries prennent des numéros bis dans leurs régiments d’origine.
En 1889, elles sont toutes rattachées aux deux régiments (12e et 13e) de la brigade de Paris en prenant des numéros à la suite des batteries organiques. En même temps les 3e et 4e bataillons de forteresse, dissous en France, sont rétablis en Afrique avec des batteries des 12e et 13e régiments.
L’artillerie de la marine fera les frais de la réduction du budget d’armement de la marine. Sa direction est supprimée en octobre 1871, et en 1879 la fonderie de Nevers lui est enlevée.
Les besoins accrus de son régiment, auquel on a confié le service du génie aux colonies, font que, comme cela s’était déjà fait en 1861, des sous-officiers de l’artillerie de terre passent directement sous-lieutenants dans l’artillerie de la marine : 10 en 1881, 18 en 1882, 17 en 1883, 28 en 1884.
En 1883, on se bat au Tonkin. A la prise de Sontay, puis à celle de Bac-Ninh, les 6 batteries de l’artillerie de la marine sont renforcées par des batteries du 12e régiment de l’artillerie de terre.
En 1889, le régiment d’artillerie de la marine, dont l’état-major est à Lorient, comprend 35 batteries et administre des services techniques importants. Cet effectif considérable impose le dédoublement du régiment : le 1er, à Lorient, se voit rattacher les unités d’Afrique et des Antilles, le 2e, à Cherbourg, celles d’Asie et d’Océanie.
Au Soudan, l’artillerie de la marine est à la tête des opérations et de la pacification. Les chefs qui s’y succèdent, Borgnis-Desbordes, Archinard, Humbert, Bonnier, tous artilleurs, ont su pacifier et administrer des régions étendues en refoulant ou soumettant les chefs locaux qui se livraient au massacre tribal et à la chasse aux esclaves.
Le lieutenant-colonel Bonnier trouva la mort dans ces opérations.
Après avoir occupé Tombouctou le 10 janvier 1894, il s’était porté, avec un détachement (225 hommes), au-devant de son convoi qu’il avait laissé aux ordres du commandant du génie Joffre, futur généralissime, et dont l’arrivée était prévue pour le 15 janvier.
Mais Joffre était en retard. Le détachement Bonnier fut attaqué par des Touaregs et 77 officiers, sous-officiers et tirailleurs, dont Bonnier, furent massacrés. Les survivants rejoignirent la garnison laissée à Tombouctou. Ils y accueillirent le convoi de Joffre le 12 février.